Посоветуйте параллельный метод работы более одного VDS

Ну с бэкапами всё понятно, с резервным копированием тоже всё ясно. Но у вас задача получается чуть сложнее: как я понял, у вас предполагаются два идентичных сервера, работающих взаимозаменяемо. И в этом случае изменения в БД и файловой системе первого сервера должны мгновенно записываться на втором сервере, и наоборот - изменения в БД и файловой системе второго сервера должны мгновенно записываться на первом сервере, причём на время внесения изменений доступ к обоим серверам блокируется (иначе произойдёт коллизия при смене рабочего  сервера). И хуже всего будет ситуация, когда копирование данных ещё не завершено, а сервер переключился. И непонятно, как быть с копированием данных, когда один из серверов недоступен? Третий сервер задействовать? То есть все эти rsync и т.п. на практике всё равно не обеспечат полную бесперебойность.

Геоднс — это про клаудфлэр?

Значит всё-таки Клаудфэр. Не то чтобы я не хотел от него зависеть, но разве параллель между двумя VDS — настолько ненужная связка?
Я ещё немного не в тему поинтересуюсь. Почему Мария, а не Мускул? Уже не впервой встречаю такую рекомендацию.

Это так. Но тут скорее борьба за время простоя, раз уж по-другому никак с синхронизацией. И DNS явно не выигрышный вариант. Может быть проблема решается неким минимальным «смещением» во времени при синхроне баз разных VDS?

Тут нужно успокоительное.

Выписываю начальный курс:

Падения есть у всех, даже у гигантов с их ресурсами.  А для мелкого биза подобное резервирование может стоить достаточно ощутимо.

Найдите точку входа, которая точно не упадёт никогда. Клауд тот же я не знаю. Потом подгружайте с любого впс. Типа прокси. В случае чего быстро перекините или даже автоматом можно сделать. Что-то типа балансера, но гораздо проще. 

Нет таких точек. Нигде. Именно поэтому для критически важных систем строится разноуровненное  резервирование.

Даже если и "не упадет" (хотя тоже может), то доступ - отдельная история.

Я сделал так, в качестве днс использовал selectel, можно cloudflare использовать, и selectel и cloudflare позволяют управлять настройками днс записей через API, время ttl для A записей поставил 120. Сайт и его копия хранятся на VPS у разных хостеров, резервный сервер по крону следит за доступностью основного сервера с помощью php скрипта, в случае не доступности основного сервера на резервном запускается php скрипт который через API меняет A записи, соответственно когда основной сервер становится доступным, он так же по крону меняет записи обратно. Так уже 4 года работает на нескольких сайтах, с посещаемостью от 20000 до 150000 уников в сутки. Так как ttl 120 переключается быстро, падения трафика судя по метрике не было, по крайней мере заметного падения.

Из минусов, если днс ляжет или оба сервера одновременно, то работать не будет. Из плюсов бесплатно, переключается быстро.

Нормальное решение, тоже подобное юзаю.

Вот только у  CloudFlare, на фришном тарифе TTL всегда в AUTO встает, сколько не прописывай, а это 300 сек по дефолту.

В итоге, даунтайм при переключении выходит максимум 5 минут.

Ну, как для бесплатного варианта, вполне не плохо.

А у  Selectel реально можно указать TTL?

С селектелом ничего не было последние 4 года, так что не очень понятно как работает ваша схема, пробовали отключать мастер ноду? И зачем вы переключаете обратно когда связь восстанавливается? Там разные сервера? Переключайте только в случае падения. И еще вопрос, что будет если вместе с мастер нодой упадет и php скрипт который переключает? У вас мастер мастер репликация? Еще не ловили конфликт инкрементов? Не разваливался кластер? Да и для нормального кластера нужен кворум, 2 машины для кворума грустная ситуация, их должно быть минимум 3

По вопросу ТС эта тема достаточно сложная, самый простой вариант тут наверное уже предложили, только единственное я бы пошел в облако. Например у селектела, яндекса, вк(маил) есть услуги, например БД как услуга, это когда там можно заказать готовый кластер БД и не заморачиваться с его живучестью (но бэкапы делать все равно рекомендую). Там же есть файловер ip, который можно перекидывать на разные виртуалки, на них надо только рсинк настроить. Но там скорее всего будет некоторый полуручной труд, чтоб было совсем без простоев и автоматом можно в сторону кубера посмотреть, он может перезапускать виртуалки  на живых нодах автоматом. Тоже в облаках есть как услуга. Если все это настраивать и саппортить самостоятельно можно будет свихнуться =))