Боты заходящие через прямые заходы и определяющиеся в метрике как люди

Вы о чем говорите? Вся статистика метрики это просто один из запросов к сайту яндекса по адресу  https://mc.yandex.ru/watch/999999 где вместо девяток id вашего сайта... Сэмулировать такой запрос не составит никакого труда, это можно сделать хоть на каком языке, за минуты (да что там, chrome сам выдает готовый код для такого запроса). В общем вы не в теме, нажмите в браузере f12 и начните изучать вкладку сеть, откроете много нового.

Это делается автоматом, тематические топы парсит специальный бот - он именно ходит по выдаче и собирает id счетчиков - ну если бы я писал такой софт - я бы сделал так и хрен бы там кто что спрятал и зашифровал. Тот бот что собирает id счетчиков запускается скорее всего напрямую с компа ботовода, так как для этого не требуется отдельного ip, а вот уже простенькие боты, которые спамят метрику запускаются в отдельных прогах, которые юзеры ставят для "заработка на переходах".

Ну вот, и как от вас защититься?

От меня не надо. Я изучаю ботов, чтоб у меня был эффективный антибот) и имея всю эту огромную базу для аналитики подмечаю очень многое и сильно заранее, чем все это оказывается в широком паблике.

Еще лучше, у вас есть эффективный способ отсеять ботов спамящих метрику (кроме удаления метрики)? Полагаю тут можно только сосредоточится на поиске бота собирающего id счетчиков и прятать метрику от него но он явно заходит с выдачи, у него будет адекватный реферер, юзерагент и поведение не позволяющее его вычислить (зашел, подождал, покрутил страницу, возможно еще подождал и вышел).

в подписи. пока работает. потому решаем проблемы по мере их поступления.

Нужно, чтобы Яндекс.Метрика внедрила защиту от поддельных HTTP запросов, например, сверять TLS Fingerprint и принимать запросы по TLS 1.2 и выше. Это тоже можно обойти, но нужно хоть с чего то начинать.

Пока выхода вижу две: либо создать новый счетчик, а старый удалить, т.к не думаю, что бот ежедневно парсит ID счетчика. Либо создать зеркало mc.yandex.ru, но на практике не пробовал.

яндекс не сможет сделать защиту. все взаимодействие с сервером яндекса идет на js, все параметры легко подделываются даже школьником. все что он может - понизить влияние поведенческих факторов на ранжирование.

Про отображения данных на сайте метрики - это понятно. Вопрос по сбору статистики, каким образом накручивают данные конкретного счетчика не заходя на сайт. Как это реализовано технически, напишите если понимаете принцип.

По-моему, всё это буйные фантазии. Набивание себе цены через сомнительную апелляцию к какому-то тайному сакральному знанию. Чтобы прогреть профиль для его учёта в Метрике нужен серп и желательно сервисы Яндекса (так быстрее). Рабочие скрипты и шаблоны в том или ином виде доступа можно найти, если сильно постараться и заплатить. 

То, что как-то удалённо через JS идёт обращение к удалённым счётчикам и таким образом происходит накрутка - не верю.  Впрочем, и не надо, когда годами наработанный метод с небольшими корректировками по прогреву продолжает работать и давать результат.

Причем тут отображение на сайте метрики, все данные к яндексу уходят через запросы вида https://mc.yandex.ru/watch/999999... Еще раз все данные с вашего сайта со счетчиком метрики уходят в метрику только в виде таких запросов и их можно спокойно воспроизвести без сайта. Как реализовано технически: смотрите справку по fetch curl и прочим подобным функциям в зависимости от языка.