Трафик с запросов, которых нет в топе

Не вижу системы. Из тех сайтов, что посыпались по причине скручивания видал сайты как с метрикой, так и без неё.
Если у вас есть примеры, кейсы - покажите, интересно. 
Ну и самое главное: ТС обозначает, что запросы - не из топа. Как вы это объясните?

Этот сайт tensor.ru (вместе с journal.tinkoff.ru) теперь ТОПе по банковским гарантиям на Яндекс помойке . Сайты банков и брокерские отдыхают.

И у них нет Яндекс метрики!

По поводу запросов не из ТОПа - это нормально для ботов. Они даже на удаленные страницы заходят. Как они это делают не знаю. Можете сами проверить на своих сайтах (если бот трафик есть) и поменять адрес страницы с бот трафиком. Они будут на старый адрес переть пока им настройки не поменяют (точнее отправлять данные о том что они заходили). Скорее всего они вообще на сайт не заходят, а грузят счетчики удаленно (даже если у вас в настройках стоит принимать с адреса).

Это может делать любой человек, а не только владелец сайта.

Лучше посмотрите с каких айпи вам накликивают эти «переходы». Возможно, это вообще не ваш регион, тогда их можно тупо обрубить в htaccess.

Нет, это ненормально. Сайт не из топа никому не нужен.
<noindex>Для примера: тут один местный баклан решил атаковать мой сайт. Адресно. Запросы отобрал правильно, молодец. Я ему говорил, что не считаю его идиотом. 
Но не сказал, что глобально. А ещё я ололоше сказал, что мне поиск неинтересен, он не понял. Ну, будет ещё один кейс так или иначе.</noindex>

Боты не проверяют наличие метрики

Тут дело не в ботах а в Яндексе. В ближайшее время бот "трафик" прекратится я думаю. Вылетели все. И те к то накручивал тоже.