Боты заходящие через прямые заходы и определяющиеся в метрике как люди

а у вас это сколько уже продолжается?

С 20 марта. Вот 2 дня было все нормально, без заходов по ссылкам. Но роботность все равно держалась высокой около 60%, несмотря на то, что трафик из поиска был около 80%.

Ясно. Тикет в вебмастере или метрике по этому поводу не создавали?

Нет, поскольку вообще не вижу в этом смысла. Ведь в любом случае придет стандартный ответ из разряда "Нам известна эта проблема, наши мастера делают все возможное, чтобы делать метрику лучше."

Здесь в темах уже приводили много доказательств, что падают позиции сайта в поиске. Как только ты справляешься с ботами, естественный трафик из поиска начинае расти

Второй год наблюдаю за своими сайтами, у которых есть боты, но ничего не предпринимаю.
Если анализировать в разрезе всего времени, то:

1. Сайт на котором вообще ничего не делаю: ни плюсов, ни минусов. Все на том же уровне. Показатели отказов увеличились на 2%. Ничего существенного.

Но сайт перед этим существенно проработан: фотки, статьи, структура, описания и т.д.

2. Сайт, который постоянно наполняется, но ничего с ботами не делалось. Прут как и у всех: соц.сети, прямые, с сайтов, с рекламы:
ничего существенного не произошло с сайтом. Показатель отказов увеличился с 9% до 13%. С позициями ничего не произошло, за исключением качелей от Яндекса, скорее всего, однорукого бандита крутят и временно замещают выдачу "новорегами", но эти качели были и раньше, когда так активно боты не гуляли по сайтам.

3. Есть пачка сайтов и мой хобби, на которые и траф, и боты месяц к месяцу растут. Внедрил защиту, посмотрю на эффект. Но до этого - только рост. Возможно, негатив от ботов перекрывался позитивом отработок на сайтах.
У всех сайтов показатель отказов вырос примерно на 1-5%.

Но, повторюсь, прямо обвалов позиций из-за ботов - не было замечено, больше качели из-за апов Яндекса, которые, возможно, принимают за влияние ботов. Либо я принимаю влияние ботов за качели от Яндекса ;)

если их процент относительно нормального трафа страниц на которые они идут будет большой, то будет падение позиций в яндексе. 

Не пробовал, но внимательно изучил тематические ветки этого форума. Даже состоял в группе вашего антибота в телеграмме, чтобы из первых рук, так сказать узнать, с какими проблемами сталкиваются пользователи и как они решаются. Ибо надоело уже читать хвалебные отзывы про антибота почти в каждой ветке, большинство из которых явно манипулятивные. Сделал вывод для себя, что мне ваш продукт не подходит. Но еще раз говорю, что это моё ИМХО, я в отличие от вашей вездесущей рекламы, никакой антирекламы вам не делаю, и дискуссировать на эту тему не хочу.

Я понимаю, когда стоит цель при этом обвалить коммерческий сайт. Такие действия оправданы. Но зачем обваливать небольшой блог со скромным трафиком, который никому никак вообще не мешает самим фактом своего существования? Тем более тупыми заходами чисто на главную страницу, а не на внутряк. Это лишено какого-либо смысла. Больше похоже на какой-то чересчур агрессивный нагул ботов. Раньше такого не наблюдал - были прямые переходы, но чтобы вот так, точно по часам, с таким высоким процентом роботности - такое в первый раз.