Как получить protected свойство объекта php?

0) Читайте мануал в первую очередь. Там 99% базовых вопросов освещено. Курсы это вольный пересказ части мануала. Начните вообще с того, что просто тупо прочтите мануал по объектам пхп. Родной.
1) К protected можно получать доступ только из а) самого класса б) родителей в) наследников.
К private только из него самого.
Так что да - если надо снаружи получить - только геттер. Если в наследнике - то напрямую.
2) Вы концепцию protected понимаете? Это спрятанное свойство, снаружи не видное. Вы пытаетесь пролистать $this->user но не видите в нем ничего, т.к. все свойства спрятанные.

Если это твой класс, и хочешь чтобы свойства были доступны, то делай public. protected делают чтобы свойство было доступно классу который наследуется через extends, но не доступно другим.

Можно еще рефлексию использовать.

А где там  user?

в $this :)

Еще вопрос из той же области - мне нужно написать систему комментариев. Я ее написал и в модель статьи прокинул объект со всеми комментами для данной статьи. 

Вы, собственно, с какой целью их сделали протектед? Для чего? Просто из принципа?
В большинстве нормальных случаев протектед/привате делают для того, что бы они были недоступны снаружи и соответственно тут же пишут геттер и (опционально) сеттер, через которые потом свойства и берут.
Сделать протектед и тут же вывалить эти свойства в паблик это шаг вперед - два назад:)

Вы как-то преобразуете ответ из базы? Ведь в PHP есть функции работы с базой данных, для которых не надо лезть в эти дебри. Классы существуют немного для других целей - а именно для хранения объектов и их обработки в процессе работы скрипта.

Наверное неправильно сформулировал - объект из базы уже приходит с протектед свойствами.

От того, что работаете непосредственно с классом базы, а не с методами этого класса.