Два h1 на главной странице.

Вы думаете, что без урла сайта мы сможем понять? ;)

Да ты не Ванга, а Нострадамус. Особенно после упоминания о yoast seo топикстартером.

Берешь програмера, платишь ему копейки, он правит шаб. Даже кворк справится

У меня на ИМе заголовок h1 на главной в количестве 2 штук.

И я не заметил ухудшения или занижения позиции (ВЧ) в выдаче Яши и Гоши, по нужным ключам в ТОП 1-3

И немудрено. Тут скорее вопрос валидности html, чем какая-то суперважность h1 как текстовой зоны для ранжирования. А на валидность ПС всегда плевали.
Те же гуглоиды отмечали, что гуглобот за заголовок принимает тот заголовок, который написан самым большим шрифтом, без ориентации на конкретный тег. Правда или очередной бред из лысой головы Мюллера - не знаю, не тестировал. Но логика тут есть.

Ссылку на Мюллера дадите?

Загашники посмотрю, вроде бы сохранял ссылку для пруфов, вопрос, на какой машине и в какой системе. Можно, по идее, нагуглить, это есть в доступе.
Отмечу - не факт, что именно Мюллер. Мог быть и Иллес и кто-то из других говорящих голов Гугла.

Скорее всего. Мюллер обычно такую чушь не несёт в массы, что меня и удивило.

Ну вот про то, что h1 может и вовсе не быть, а h1 должен быть выше всего, самым заметным и т.п. нагугливается сразу - и именно в исполнении Мюллера, из статьи на moz и тоннам её переводов.
Но вот про то, что в качестве заголовка может быть считан вовсе не h1, а другой текстовый блок или тег выводимый самым большим шрифтом - искать надо.