Почему в Search Console неадекватные показатели и как с этим бороться? Как получить адекватную статистику по переходам из гугла?

Никак, гугл статистику не для вас собирает, а для себя.

Вы говорите о том что никак в контексте того что гугл собирает статистику для себя. Ну и пусть для себя собирает, речь же не об этом, а о том как мне ее собирать для себя в контексте того что она мне нужна для меня)

Так что может как то все же можно получать информацию о поисковых фразах, по которым из гугла на сайт перешли, таким образом что эта информация будет более менее приближена к реальности? даже если не с помощью Search Console, то может как то иначе?

Увеличить трафик. Это все погрешности. Может быть в разнице учета...Да вообще нет смысла обсуждать 100 человек за 3 месяца. 100 человек за 3 месяца и так дает понять, что для гугл консоли этого сайта грубо говоря не существует. 

И это не упрек и т.п. Просто такова реальность. В цыферках всегда есть погрешности. Особенно если смотреть данные с разных систем, которые между собой эти данные не сверяют.

метрика тоже далеко не все запросы показывает. никак не исправить, они скрывают микро-нч. если хотите охватить всю низкочастотку в рекламе, включайте динамическую, она неплохо работает, только поминусовать вначале придется