Рискну предположить, что прямой трафик никак не учитывается ПС при определении "накруток", т.к. он никак не связан с запросами, по которым может ранжироваться сайт.
Посмотрите раздел head страниц, возможно там указаны некорректные ссылки в <link> или <base>, прогоните сайт через Xenu - возможно ссылки все же есть, но в не очевидных местах.
H1 вроде как тег логической разметки, ваш заказчик понимает, что визуально от положения тега в коде для посетителя сайта ничего не изменится?
Если посетитель не найдет ответ на странице поисковика, то он может уйти с поисковика вообще, вместо того, чтобы лазить по сайтам, возвращаться в выдачу, переформулировать запросы...
А как Вы думаете, почему страница (тыкнем пальцем в Топ-500) http://stiralochka.kh.ua/remont-stiralnyh-mashin-na-domu удовлетворяет требованиям полезности и тд. и тп. яндекса, а http://remont-service.dn.ua/remont_stiralnyh_mashin.html - не удовлетворяет?
Поиск по номеру телефона "(050) 108-6000" (с Вашего сайта) выдает на втором месте:
http://www.remont-stiralnyh-mashin.net.ua/details/Remont-stiralnih-mashin-ot-kompanii-TehServis-Donetsk-v-gorode-Donetsk.html?tab=2
По запросу "ремонт стиральных машин донецк" на первом месте http://www.remont-stiralnyh-mashin.net.ua/city/donetsk/index.html
С какой-то долей вероятности можно предположить, что Ваш сайт подклеен по данным запросам к remont-stiralnyh-mashin.net.ua
Не уверен, что есть поисковики, которые будут включать в индекс содержимое служебных файлов.
Даже если предположить, что данные из Метрики влияют на ПФ, то не понятно: если ПФ плохие, и, скрыв их мы лишаемся плюсов в ранжировании от ПФ, то какой смысл это делать, если в Топе сидят сайты с огромными плюсами от ПФ? Чтобы продвинуть сайт на 37 место?
Для низкоконкурентных запросов 89% отказов с Метрики за месяц на посадочной странице не мешают сайту быть в Топ-3.
Думаю тут важно то, что найдя в первом просмотренном ровно то, что он хочет, он уже не вернется в выдачу и не станет кликать по другим сайтам или переформулировать запрос.
Но вопрос: как Яндекс определит на каком именно сайте из десятка одновременно открытых пользователь нашел ответ - лично для меня остается открытым. Если всё просто в порядке очередности, то при одновременном открытии в новых вкладках результатов получится, что сайт на первом месте плохо отвечает на запрос пользователя, т.к. после клика на него посетитель накликал ещё и на десяток других 😂
Я, как пользователь, открываю в новых вкладках все результаты выдачи сразу и после этого ползаю по ним в хаотичном порядке. Интересно, как в данном случае Яндекс сможет отследить на каком именно из этого десятка сайтов я нашел ответ на свой вопрос?