К сожалению нерасторопность яндекса общеизвестна, возможно вам стоило даже поработать над старым вариантом сайта, а не откатывать его...
Сам продвигаю среднечастотные запросы строительной тематики по Москве и области. Скажу от себя.. оптимизация и юзабилити прежде всего.. сначала нужно довести сайт до ума (внутренние факторы), а уж потом приступать к покупке ссылок.
Был опыт когда сразу после создания сайта закупали постовые с блогов для ускорения индексации (сроки поджимали) и покупали 20 статей.. ну и по 200 каждый месяц, это не считая ссылок. параллельно велась оптимизация сайта и работа над юзабилити, пока не вылизали сайт заказов не было..хотя посещаемость по чуть росла...
Начал работать с этой биржей, о результатах сообщу когда они появятся...
Снимайте ненужные ссылки.. они вам пользы не принесут однозначно..на не релевантные страницы тем более убирайте. Есть вариант если ссылки безанкорные, тога их в принципе можно было бы оставить, но безанкорки хороши только для молодого сайта, а ваш уже не молод.. поэтому тут 50/50...
Итог.. если ссылки с анкорами.. снимайте...