В такую тематику, я думаю Вам пока не стоит лезть. Пока вы будете набираться опыта, ваша компания больше потеряет, чем получит. Лучше наймите специалиста в офис или удаленку, а еще лучше компанию, которая сможет дать вам гарантии - многие практикуют это. А сами займитесь тем, в чем вы профессионал. И если хотите изучать SEO - то изучайте.
Документы могут быть проиндексированы, но не находится в выдачи. Так что, лучше в логах смотреть, да и дату можно посмотреть.
В логах сайта.
Что значит "суммируются ссылки". Если вы имеете в виду ссылочное, то оно учитывается так же, как если бы все ссылки стояли только на один домен (один из зеркал).
А если одинаковые, то что происходит?
Это пока не произошло склейки. После склейки доменов - тИЦ становится одинаковым. Очень хороший пример: тИЦ yandex.ru и тИЦ www.yandex.ru (могу еще примеры привести).
Ставьте ссылки на свой сайт с вхождением ключевой фразы в анкор ссылки. Пропишите данное ключевую фразу в title
Для показа ссылающихся сайтов/страниц Яндекс учитывает разницу между ссылающимися сайтами на сайт с www и без.
Но для учета ссылочного или тИЦ разницы нет.
Пессимизации и бана за внешние факторы нет. (по крайней мере, я еще не всречал)
Прогоняйте, но только с другими заголовками и описаниями. Лишние ссылки не когда не помешают.
Но только: некоторые (меньшинство) каталоги не принимают домены 3 уровня, а так же зеркала уже имеющихся сайтов в каталоге.
А вы заполняете поле "название" в основном окне редактирования проекта? Его нужно заполнять, иначе не будут переодически заполняться поля.