Проверяйте релевантность: смотрите какая страница показана в поиске по каждому из провалившихся запросов. Если это не продвигаемая страница, то релевантность сменилась и поэтому позиции упали (не хватает веса страницы, вхождений и пр.).
Что то явно не так. Замечено:
1. Заходим в Яндекс-вебмастер, выбираем нужный сайт - напротив "Страниц в поиске" видим одну цифру (у меня было 0)
2. Нажимаем "Страниц в поиске" , в строке "Страниц" видим другую цифру (у меня 257).
3. Возвращаемся на предыдущую страницу - напротив "Страниц в поиске" видим другую цифру (у меня 257).
Опять что то тестируют, лучше сегодня не анализировать, дождитесь настоящего АПа.
Пробивка через XML сильно отличается от ручного поиска, ситуация уже вторую неделю не меняется в этом плане. ИМХО нормального обновления выдачи ещё не было: хотя, нет ничего постояннее, чем временное.
Думаю Яндекс до сих пор что то тестирует, чтобы "войти" в новый года с правильной выдачей... или хотя бы с боле менее нормальной.
Всем удачи.
Платонам всегда полезно писать. И если культурно пишите, указываете, что стараетесь всё поправлять, но сейчас не совсем понятно где причина - они на 3-5 письмо неявно укажут например на тексты или какие то внешние факторы... Это 100%, всегда работает и помогает. И самое главное в итоге получить ответ, что вот теперь всё в порядке...
Если это правда ошибка со стороны яндеска, то он в следующий АП или через один вернёт всё на место. У него часто такое бывает.
Чистили историю с куками и кэшем?
И персонализировать, конечно же на мой взгляд, у них просто не получится или получится но не до конца - ерунда будет. Максимум, как они заявляли, смогут разобраться кому по запросу "Газель" нужно найти животное, а кому авто. И с подсказками уже пытаются персонально сделать каждому своё, что чаще запрашивает. ИМХО
Не забывайте ещё кэш и куки чистить у браузеров, постоянный сбой идёт после изменения выдачи.
А никого не смущает разница между реальной выдачей и пробивкой через XML? ИМХО: толком АПа и не было, идёт какое то тестирование чего то нового.
Заходите в свой "Яндекс.Вебмастер", дальше тыкайте на свой сайт, потом ищите справа снизу ссылку "Задать вопрос о сайте службе поддержки", там заполняете все поля заявки.
Да, надо исправлять и после писать снова Платонам что то типо "Я постарался всё исправить, посмотрите пожалуйста ещё раз..."
И с каждым разом они будут отвечать всё точнее, приводить примеры страниц где замечены нарушения. Качество сайта для яндекса уже описано у них в помощи я-вебмастера http://help.yandex.ru/webmaster/?id=995342