http://www.cnstats.com/
Скорее всего счетчик спайлог стоит не на всех тех страницах, на которых стоит счетчик CNStats. (например версия для печати и т.п.)
Или на одной странице стоит несколько счетчиков CNStats. При большом количестве инклудов в PHP, можно легко намудрить с этим.
Я бы стал сравнивать отчеты, ответы на такие вопросы находятся достаточно быстро.
Роботов лучше всего анализировать по логам - это однозначно.
Хотя можно взять какую-нибудь простеньку системку типа CNStats.
Тут про авлу где-то писали, может она может роботов считать.
Но я бы все равно остановился на логах. Нагрузки меньше, точности больше.
Выглядит заброшенно. support@warlog.ru не отвечает.
Но, надо отдать должное, работает в режиме реального времени.
Может немного дилетантский подход, на тИЦ Яндекса будет одним на два сайта если размещать в каталоге, а не на отдельном домене. Мне кажется что лучше один больштй тИЦ, чем два маленьких :)
Google PR все равно строится для каждой страницы отдельно, так что никак не повлияет.