Действительно есть такая проблема, есть пару проектов на одном в индексе порядка 40К страниц, периодически вываливается +-2000 страниц.
Тут наверное правильно подметили, что нужно линковать на внутренние разделы.
Карта сайта не помогает уже проверено...
