При 10к хитов в сутки вы nginx и не увидите в топе. При 10к хитов в _секунду_ - вот тогда вылезет.
Lupus, а что мешает? Все клиенты ssh под win32 умеют.
Самый простой способ - включить в ssh-клиенте port forwarding.
Если я правильно понял ТС, он в самом начале как раз в настройках базы и ковырялся.
Впрочем, все-таки косяк в другом. Дальше уже гадания на кофе начинаются - м.б. оно тащит за собой вовсе не /etc/my.cnf?
2ТС:
Изучайте
ps axwww | grep mysqld
на предмет my.cnf для начала.
Попробуйте не chmod, а chattr +i /etc/my.cnf
Это гарантировано не даст писать в файл никому и никогда.
Да там смотреть нечего. ISPManager переписывает конфиг, как он любит.
Можно поиграться флагами на файл, и запретить изменение совсем. Только как-бы там крышу менеджеру не посносило.
Добро пожаловать в прекрасный мир ISPManager :-)
Про ulimit'ы не забываем, не забываем... (с)
Вы б хоть вывод top показали...
Есть, есть у него unix-socket. Вот он одновременно в оба сокета слушать не умеет - это да.