Автор темы ничего не писал про index.php, а index_inc.php - это включаемая область, как и остальные перечисляемые файлы - это части страниц
Список состоит из урлов?
Самое простое написать функцию, которая на основе урлов вычислит id записей и удалит их
У меня нет. Пробуйте https://themes.svn.wordpress.org/twentyten/ Вас интересует скорее всего 1.0.3
Допустим у вас nginx, тогда для папки download нужно прописать
if ($http_user_agent !~* (ZAGRY)) { return 403; }
Во всех системных файлах битрикса, должна быть похожая на эту строчка - запрещающая их отдельный вызов, в самом начале файла
<?if(!defined("B_PROLOG_INCLUDED") || B_PROLOG_INCLUDED!==true)die();?>
Используйте Custom Permalinks https://wordpress.org/plugins/custom-permalinks/
Он бесплатен, платна Enterprise версия.
Есть еще Nextcloud
Оба на yii2
Как ответили выше, wordpress 2.8 вышел в 2008 году и что либо найти очень сложно, легче заказать работу. Но вот в каталоге есть плагин, который делает тему TwentyTen (того времени, свежая версия из каталога не подойдет, поэтому если у вас не она - вам вряд ли поможет) адаптивной https://wordpress.org/plugins/responsive-twentyten/
Wordpress Multisite может работать на отдельных поддоменах из коробки, а на отдельных доменах при помощи плагина WordPress MU Domain Mapping
