500 страниц на сайте из них 400=2000/5 ссылки. Может из-за этого Вас понизили?
Дата файла - это, конечно, хорошо. А если у вас статья какая или новости из базы подгружаются. Вот и будет файл старый, а дата/время новости/статьи на странице гораздо новей
Я столкнулся с ситуацией когда по #link="www.vashsite.ru*" ссылающегося сайта нет, а по a#link="www.vashsite.ru*" #url="www.где-ваша-ссылка.ru*" он есть. Может в начале Я как раз показывает правильное число ссылающихся сайтов, к-рые ему известны, а потом некоторые почему-то не учитывает?