Чтоб найти причину - сопоставьте логи сервера с ошибками по GA. Чтоб исправить - наймите специалиста.
Простыми настройками мало чего добьетесь.
Может проще реселинг?
Судя по картинкам - нагрузки нет.
Своп - есть. Может сильно свопит.
Облако лучше VPS, если у вас магазин написан под облако, а не под апач+чихпых+мискуль.
Проблема не в ОС, не в апаче, а в голове программиста, который написал такой косяк.
Все долгие скрипты должны работать по крону, а ajax - передавать туда данные
Исправьте этот косяк и сохраните много нервов на будущее
Генерируйте уникальную ссылку/куку с ограниченным временем для каждого посетителя
VPS - это прежде всего настройки, которых нельзя делать на обычном хостинге. Если нужно чисто по ресурсам - то лучшим вариантом будет VIP хостинг.
Сочувствую. Еще бы узнать команду и ошибки.
Вот такая: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-raw-devices.html
Не знаю на счет числа загрузок и где вы их смотрели, а модуль достаточно популярен.
