Я знаю отличный рецепт от плохого настроения - лечь поспать. Всегда помогает.
А почему они должны быть?
Сахар в пределах верхнего значения нормы.
Значит падение не зависит от тех параметров.
Но зачем лишняя сущность, если nginx может делать тоже самое?
Я рад, что помог вам узнать много нового, но читайте еще и документацию по nginx. Директива root работает для всех поддиректорий, и не будет "отдавать только то, что лежит в одной папке".
Для всех сайтов указывайте root в documentroot и nginx будет отдавать статику по всему сайту.
Если у вас свой сервер с ssh root доступом, то лучше для кеширования использовать nginx. Это самый лучший вариант.
Поставьте лучше munin и смотрите на графики в момент падения MySQL.
Ну это для вас оно сложнее и дороже для клиента, а у меня не сложнее и для клиента не будет дорого. Я не люблю халтуру и никогда не втыкаю wp-supercache если есть возможность кешировать через nginx.
Почитайте статью, может научитесь.
А зачем использовать wp-supercache, если nginx прекрасно кеширует сам по себе? Вы уж используйте в полной мере те инструменты, которыми пользуетесь.