А без mpm-itk cgi запускает скрипт через execgi под пользователем, которому принадлежит скрипт и что?
Включи полный error_log в php и направь его в файл.
Это были логи php-fpm
Нужен лог самого php
Там не указан этот варнинг
Документация поможет всегда, однако человек не спрашивал как настроить что-то, а он спрашивал о конкретном варнинге. Про которые кстати, ничего в твоей ссылке и нет: http://www.google.com/search?q="is+already+loaded%2C+skipping"+site%3Ahttp%3A%2F%2Fhttpd.apache.org
А вот ряд многозначительных выводов, сделанных без доступа к серверу... мягко говоря - улыбает.
Какая мощная аргументация. И главное - объективная. Особенно хорошо виден твой высокий уровень в виде таких вот советов:
В то время как в конфиге просто было прописана загрузка mod_rpaf дважды. Однако вместо помощи ты сделал ряд многозначительных выводов. Обычно так ведут себя те, кто тоже ничего не знает.
Но ты-то, конечно не такой, мы знаем :)
Например http://www.opennet.ru/docs/RUS/iptables/
Тогда логи php. Наверняка там какой-то варнинг проскакивает.
1. Включить запись логов самого чихпыха в файл
2. Попробовать повысить таймаут
Ну сейчас используется только твой DNS, что не есть хорошо
