Могу взять за отзыв
FreeBSD хорошая система. Только мертвая. Но хорошая.
Профессиональные админы используют bacula или duplicity
Newrelic платный, но дают 2 недели бесплатно
Этого хватит для решения проблемы
Кешируйте через nginx. Но если контента много - не уверен, что хорошая идея.
newrelic в помощь
Ставьте SSD под mysql.
Быстро - munin
Качественно - zabbix
maldet не панацея, могли и через скрипты
А еще лучше если CMS поддерживает мультисерверность, написана на C++ и никогда не глючит.
