Проще всего через map
См пример http://serverfault.com/questions/177461/how-to-rate-limit-in-nginx-but-including-excluding-certain-ip-addresses
Тогда ой, показалось что cpanel.
https://documentation.cpanel.net/display/ALD/Apache+SpamAssassin читали?
Включайте debug лог в nginx, и если какая-то строка там непонятна - скидывайте ее сюда
Если file not found - очевидно, что root неверный
Добавить исключение удобнее через map
1. Подключить диски в /mnt
2. Сделать rsync системы в /mnt
3. Чрутнуть в /mnt и обновить grub
Будут вопросы - обращайся
Рестарт ssh?
Посмотрите что выдает phpinfo в сайтах
Хороший саппорт бывает только за хорошие деньги
У меня есть мануал, с помощью которого можно настроить все самостоятельно.
Единственное что - на английском, потому что я работаю в основном на зарубежного клиента. Но переписать не проблема, а цена намного ниже.
Пишите в ЛС.