Я уже ответ выслал, смотрите тикет
Скидывайте на http://esupport.org.ru/support/
Я использую mysql5. Тестов не проводил
apache2 производительнее чем apache1
Скиньте мне доступ - гляну что там
Следите за источником нагрузки - это система/пользователи/ввод-вывод?
Я пробовал и vz и vdsm
По подходу к работе на уровне файловой системы - vdsm лучше vz
Число процессов апача не повышалось?
VDS проще всего управлять через админа :)
Под генерацию можно приспособить - пускать например с nice 20
Для хостинга применим, только если это vip хостинг а не свалка для 1000 сайтов :)
Тогда проще nginx + fastcgi php