Ограничить число потоков безусловно можно. Но не так грубо, чтоб поисковики не обиделись.
Для начала попробуйте ставить ограничение чисто для грабберов.
Ну так становитесь сами специалистом.
Пара лет вдумчивого чтения документации и готово.
Прописать 404 на дефолтный виртуалхост
Плюс двух серверов в том, что можно дублировать информацию и в случае падения одного из серверов быстро вернуть сайт к жизни. Правда, вдвое медленней.
Закрыть дыры, через которые льют шеллы
Я не играю в угадайки. Ответы всегда в логах.
Если их нет - значит или логи не настроены или смотрите не в тех логах.
Поднять сервер со свежей ОС и панелью
Перенести туда сайты
Как всегда ответ в логах
Чтоб логи php писались - это надо разрешить в php.ini
Все еще готов взять за отзыв