Кодируется месторасположение - город Киев.
Ссылки могут быть причиной, если много одинаковых анкоров.
Это где такое написано?
Оставить как есть.
http://arsenkin.ru/tools/filter/
http://coolakov.ru/tools/new_filter/
https://tools.pixelplus.ru/tools/reoptimization
Тут проверьте. С вхождениями не переборщили на странице?
Возможно, регион автоматически всё-таки присвоен, проверить можно по этой методике - /ru/articles/28344
Если у вас там поддомен типа spb.site.ru - тут можно даже не сомневаться, что у него питерский регион автоматом определился. В справочник сайт тоже не был добавлен? Если был, то указанный там регион тоже прилепляется к сайту.
Присваивать надо обязательно, если заказы интересуют из конкретного региона.
Напишите в поддержку - https://yandex.ru/support/webmaster-troubleshooting/site-indexing.xml?form1770-step_15802=13210
Добавить в Disavow Tools те ссылки, которые не удалось снять.
PhilWeed, если в вашем сообщении заменить Крым любым другим регионом, то проблема ничем не выделяется - стандартная ситуация. Из описания вообще не понятно, в чём, собственно, проблема - в том, что ваш сайт не в топе? Или в том, что конкуренты в топе? :)
Вопрос можно перефразировать - если на сайте миллион мусорных страниц и одна полезная, то будет ли эта одна страница в топе? Нет, не будет, потому что всегда найдётся сайт, у которого есть больше одной полезной страницы по теме. Так что да, влияют.
http://coolakov.ru/tools/most_promoted/