Сначала выбираете ваш сайт, потом на следующем шаге вводите адрес интересующей страницы и отправляете на проверку.
Надо на каждую из версий добавить теги:
<link rel="alternate" hreflang="ru" href="http://example.ru/" />
<link rel="alternate" hreflang="ru-kz" href="http://example.kz/" />
<link rel="alternate" hreflang="ru-ua" href="http://example.com.ua/" />
Подробнее:
https://yandex.ru/support/webmaster/yandex-indexing/locale-pages.xml
https://support.google.com/webmasters/answer/189077
Так что в итоге тут https://webmaster.yandex.ru/site/indexing/urlchecker/ выдаёт?
https://webmaster.yandex.ru/site/indexing/urlchecker/ - что тут пишет? Подождите апдейта.
Переспам может быть также в мета-тегах и в анкор-листе (как внешнем, так и внутреннем).
Вот пример правильного продвижения НЧ-запросов - http://www.dochkisinochki.ru/icatalog/categories/kolyaski-transformery/colors2-bezhevye_bezhevogo_cveta/
Можете еще тут проверить:
https://tools.pixelplus.ru/tools/text-natural
https://ru.megaindex.com/a/textanalysis
Но как правильно написали выше - это всё вилами по воде. Читайте тексты из топа глазами и сравните со своими, тогда и поймёте, почему ваши тексты не в топе.
Кстати, вот тут https://webmaster.yandex.ru/site/indexing/urlchecker/ при проверке что показывает?
В таком случае бояться нечего, максимум, что может случиться - головной сайт не будет показываться по розничным запросам.
Почему не хотите продвигать в Новосибирске уже существующий сайт? Просто в Яндекс.Справочник добавляете адрес новосибирского представительства и всё. А если сайт зарегистрирован в Яндекс.Каталоге, то там можно попросить, чтобы присвоили второй регион. Или поддомен сделать для Новосибирска и выставить этому поддомену в Яндекс.Вебмастере свой регион.
В большинстве случаев - да.
https://support.google.com/webmasters/answer/62399?visit_id=1-636201688437670390-1560228761&rd=1
