Нет, неправильно, настройки дложны быть такими, что бы при любых нагрузках перезагрузок не происходило.
---
Виктор
В панели нет ничего такого, что нельзя сделать раками. Плюс, очень многое руками можно сделать более оптимально, чем это сделает панель. Сервера админят - админы, панель пишут - програмеры, представления одних и других - существенно отличаются.
SeoNk, а Вы попробуйте HandlerSocket. Заодно, расскажите нам, насколько это быстрее.
innodb_flush_log_at_trx_commit ?
Или корректно настроить удаление сессий самим php, тогда не будет проблем "Вычистить не нагружая".
jano, Вас уже несколько раз спросили, у Вас базы в InnoDB?
Смотрите gzip_types тут http://nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_gzip_module.html
Судя по /dev/aacd0s1a, у Вас раид-контроллер Adaptec, вряд ли Вы получите прамой доступ к дискам.
Ищите поисковиках об "Мониторинг дисков используя arcconf".
smartctl -a /dev/XXX
На 8 такое может случиться когда файлы открыты, например, отдаются пользователю апачем/nginx-ом, и в это время нештатная перезагрузка, по питанию или типа того.
Винты диангнистировать по smart, смотреть состояние рейда...
Как удалить: попробуйте вместе с папкой. Переименуйте папку с таким файлом, перенесите из нее остальные файлы и пробуйте удалить папку. Скорее всего, со второй попытки должно получиться.