Тут такой вопрос - что понимать под многосайтовостью. Многосайтовость только тогда нужна, когда есть одинаковый контент у нескольких сайтов (одинаковые тексты, одинаковая лента новостей, общий вход для пользователей и т.п.). Разнородные сайты на многосайтовой системе делать неправильно и небезопасно, поскольку одна админка все же.
Для последнего случая надо покупать вторую, третью и т.д. лицензии, имхо, и не экономить на безопасности.
Про то, что для администрирования структуры сайта надо заходить в админку через этот сайт и видеть только его структуру - тоже правильно. Зачем кашу устраивать из страниц. Я в ЮМИ такое видел - ужасно не удобно. Если я хочу добавить страницу на сайт www.mydomain.ru, мне не надо показывать структуру сайта www.yourdomain.ru, даже если он и входит в группу сайтов, администрирующихся через одну систему. Захочу поставить ссылку внешнюю - скопирую через буфер обмена.
А вот весь общий контент должен быть доступен и причем должна быть возможность разграничивать доступ к нему (те же новостные разделы показывать одним админам и не показывать другим), поскольку контент-менеджеры могут быть у разных сайтов разными.
ЧПУ - это, на мой взгляд, человекопонятные урлы, а не поисковомуроботупонятные урлы. И делаются они для того, чтобы человек по урлу понял или хотя бы имел представление, куда этот урл его приведет. Например news.php?n_id=100 менее понятно, чем news/obsujdenie_chpu_na_forume для человека. А поисковику абсолютно по фигу имхо.
