Ну вы люди в такие дебри залезли!!!!
Такую ситуацию вообще сложно представить, но если и так, то можно придраться разве к ссылкам на эти страницы. То бишь на обе страницы ссылаются одинаковы сайты, с одинаковым текстом ссылок, но находиться эти ссылки в одинаковом месте не могут, и в таком случае релевантнее окажется та страница на которую с ссылающихся сайтов ссылки стоят выше по коду и по странице.
Но это чисто гипотеза!
Гипотетически для Яндекса сайт лучше выкладывать по кускам, причем постоянно уменьшая время апдейта, это поможет приучить Яндекс к частому индексированию сайта. А понижение позиций сайта может происходить из-за так называемой "постановки в очередь", когда поисковик нащупал много новых страниц, но не может проиндексировать их все сразу, в таком случае он (Яндекс) не может составить общую картину о сайте и понижает (временно) релевантность страниц до последующего индексирования, вот!
