то есть лучше всего будет просто убрать все поддомены следующим образом:
1. временно на каждой странице поставить редирект, например в виде информационной области, где будет написано, что "сайт теперь находится по адресу..."
2. подождать пар месяцев и сделать перенаправление через 301
3. подождать еще пару месяцев и удалить поддомены совсем
так получается?