Про зоны edu и gov - под "есть возможность" - это случаем, ни размещение хакнутых сайтах? Т.е. вы уверены, что вам предлогают сделать это именно владельцы?
Ссылка, с вебсайта - она и в африке ссылка с веб сайта.(т.е. html, PDF, doc... - ВСЕ, что может понять КОНКРЕТНЫЙ поисковик) имхо.
Вообще палится и то и другое(javascript и iframe), если у тебя есть куча IP, с которых приходит бот, тогда конечно серверный вариант будет достаточно хорошим.
Поставь пожайлуста вопрос более конкретно.
Один из вариантов(если я тебя правильно понял):
Если ты знаешь как определить бота(например по IP), ты посмотреть какой код ответа отсылал Apache ему(200, 404 ... и т.д.) и какие файлы он запрашивал, на основании этого можно сделать выводы(опять таки если стоит mod_rewrite, то несколько другое).
А чем ИМЕННО вам не угодил этот бот?
А банить можно тоже разными методами, можно на пхп используя user-agent, можно через
.htaccess, все зависит от того чем именно он вам не нравится.