Как проверить по логам, что отвечал сервер поисковому роботу в момент переиндексации?

Поставь пожайлуста вопрос более конкретно.

Один из вариантов(если я тебя правильно понял):

Если ты знаешь как определить бота(например по IP), ты посмотреть какой код ответа отсылал Apache ему(200, 404 ... и т.д.) и какие файлы он запрашивал, на основании этого можно сделать выводы(опять таки если стоит mod_rewrite, то несколько другое).