Под "Ручными санкциями гугла" вы что подразумеваете? Количество страниц в индексе Гугла не уменьшилось?
Может вы как раз перед тем, как сайт был недоступен, сделали какое-то изменение на сайте и оно просто совпало с этой временной недоступностью? Исходящих ссылок с вашего сайта на другие ресурсы точно отсутствуют?
P.S. У меня из-за ссылок сайт с Яндекса вылетел, но Гугл держится.
К сожалению нет, так как код хостинга находится на всех без исключения страницах сайтах, в том числе и новых.
Если ещё какие-нибудь идеи будут - пишите.