А какую цель вы преследовали создавая этот каталог....?
если не кривя душой
помню год назад несколько сайтов забросил(невыгодно стало) срок домена истек
а сайт еще две недели в индексе болтался
а сейчас типа на один запрос яндексу не ответили и он все страницы из базы викинул
Одно время помню яша баннил сайты рефератов(да и сейчас наверное) где каждый реферат выложен в html и доступен для индексации
за что баннил не знаю но факт имеет место быть
Если честно то сути Вашего вопроса я не понял....
ЗЫ... при ранжировании яндекс использует на порядок больше исходных данных
чем известные вам "ссылочные" и "контент" возможно возимел действие какой-то совершенно неизвестный вам.... ))) отсуда несоответсвие серпа ожидаемому вами