Проблема не новая, а скорее обычная.
Как уже писали люди выше, в момент когда пришел бот яндекса сервер дал не правильный ответ или был не доступен. Не стоит паниковать, это часто случается.
Да кст яндекс индексирует молодые сайты очень долго. от 4х недель до 2 месяцев. Сперва попадает одна страница , потом 5-10, ну и потом остальные потихому.
Гугл же жрёт всё и быстро.
Если что киньте ссылку на сайт в личку,я гляну что отдаёт ваш сервер на разные запросы.
