АГС или нет?

Не АГС. Настройте правильно.

а что именно может быть не так?

Где искать ошибку?

Возможно, когда приходил бот Яндекса, сервер лежал или был недоступен. Или иногда хостеры по ошибке блочат айпи адреса Яндекса. Или настроено не верно.

сайту уже не первый день - и в индекс не влетает давно.

Попробую в хостером переписаться

Что именно?

Сервер или движок. Я не гуру в этом.

Здесь проверяли?

http://webmaster.yandex.ru/server-response.xml

При блокировки по IP появляется ошибка 403, а не 404.

Тех поддержка хостинга сказала, что ip яндекс бота не блокируется.

Проблема не новая, а скорее обычная.

Как уже писали люди выше, в момент когда пришел бот яндекса сервер дал не правильный ответ или был не доступен. Не стоит паниковать, это часто случается.

Да кст яндекс индексирует молодые сайты очень долго. от 4х недель до 2 месяцев. Сперва попадает одна страница , потом 5-10, ну и потом остальные потихому.

Гугл же жрёт всё и быстро.

Если что киньте ссылку на сайт в личку,я гляну что отдаёт ваш сервер на разные запросы.

Вы переходили сами по тем ссылкам, которые указаны ЯВ в разделе "исключенные роботом" по типу ошибки "HTTP-статус: Доступ к ресурсу запрещён (404)" ?

Если вы видите, что страницы по этим урлам доступны, то скорее всего когда робот по ним ходил в последний раз, хостинг лежал и робот не смог получить доступ к этим страницам, получив ошибку 404.

Подождите несколько апов и страницы сами должны вернуться в индекс без каких-либо манипуляций.

Дело в том, что сайт не новый(почти 2 года) и такая ситуация уже давно-несколько месяцев(сначала страницы проиндексировались, но пропали). Сам подумал, что АГС, поэтому сайт хотел даже забросить, но так как в последний ап сайт получил 10-ку ТИЦ, то решил разобраться