Я использую под Windows – WinSCP.
GUI в Linux не использую, по этому и клиенты под Linux не использую.
Виртуальная машина для того, чтоб накуролесил там, наломал что нибудь и не страшно. Закрыл, новую открыл.
Я бы тоже на виртуалке делал.