Не рекомендую удалять эту страницу через GWT, надежнее сделать с нее 301-й редирект на site.com.
Ну и как это сделать: добавляем вот такую вот запись в htaccess
Redirect 301 /index.php http://www.site.com/
Мне кажется, что стоит обратить на скорость прироста ссылочной массы и поддержание этого темпа. В тоже время для многих старых сайтов ссылочные скачки - это естественно, например, проведение конкурса или любого другого ивента. Второй по важности вопрос и она же проблема: насколько уникальный и качественный контент на этих сайтах, в каких они нишах? SEO - это всегда комплекс работ и факторов, нельзя винить лишь ссылки.
Попробуйте зайти на факультет журналистике в любой универ и повесить объявление, что вы набираете команду авторов для интернет ресурса. Проще будет работать с профессиональными авторами, которым объяснить про SEO, чем со знающими уже SEO, но не умеющими писать.
SAPE. Но два минуса: анкор прийдется писать юни кодом (http://sadesign.ru/tools/unicode/) и русские вебмастера очень боятся добавлять анкоры, которые не могут перевести. Я закупал для греческого сайта (анкоры на греческом), и по статистике 8 из 10 обязательно отклоняется.
