У меня тоже есть сайт с похожей структурой меню как у автора. Сайт с тематикой сервисного центра по ремонту ноутбуков айфонов и тд. Ссылки на конечные страницы находятся в структуре меню. И конечно же любой анализатор показывает плотность по ключам и зоне ссылок самые частые, к примеру "iphone" даже если страница о ремонте ноутбука. По вашему комментарию и опыту стоит удалить зону ссылок и анкоров на конечную страницу из главного меню?