можно попытаться сообщить яндексоидам о некорректном исправлении запроса https://yandex.ru/support/search/troubleshooting/replace.xml
у меня год назад резануло траф на одном проекте как раз в два раза в результате одного апа, но подозреваю, что причина была все-таки в плохой работе хостинга. яндексоиды тогда отписались, что санкций нет.
1. мало ли что хочет клиент - стоит задать вопрос, насколько это станет удобней для юзера и как изменится меню и юзабилити
2. если меняются адреса у ссылок, то безболезненно не выйдет, возраст страницы определяется по урлу, редиректы нужны (не только для поиска, но и для переходов из закладок и других источников)
3. всю ручную линковку надо будет менять. речь идет о распределении ссылочного веса
4. редиректы должны работать адекватно (иногда замедляют загрузку страницы)
5. основная проблема - это выкинуть старые адреса из индекса. можно очень долго ждать, когда они склеятся в результате редиректа. у меня никогда не хватало на это терпения, в итоге я после ожидания в 1-2 месяца закрывала в роботсе старые урлы и удаляла "повисшие" остатки вручную через https://webmaster.yandex.ru/delurl.xml
я тоже пагинацию обычно закрываю, так как обычно это полные дубли, но в вашем случае - у вас там разные тексты, можно использовать под низкочастотники. но на основные целевые страницы лучше добавить тексты побольше и чтобы они выводились только там.
склейка происходит, только если поддомен не привязан ни к какому региону. если у каждого поддомена есть привязка через вебмастер и справочник - ничего не склеивается.
может быть, проблема кроется в девственном роботсе, а так же у вас не отдаются 404 на несуществующих страницах. а также не наблюдаю указание региона на страницах. в гугле же нельзя вручную задать регион - что-то должно быть, что помогает ему понять, к какому региону относится страница. а также не вижу цен, сроков и формы заявки - хотя это уже к конверсии относится. а вот эта страница ничего не говорит не только гуглу, но и мне http://stroy-legko.ru/pages/sendvich-paneli/fasonnye-elementy/
да просто прицепили к концу тайтла на товарах самые распространенные хвосты, поди даже не отслеживают. тайтл генерируется из ""Название + купить в М.Видео, цена. отзывы + Город (в зависимости от выбранного в шапке). сайт-то так себе оптимизирован. единственное интересное, что при смене города меняется конец урла.
ссылки работают, не отрицаю. но я лично никогда особо ими не закупалась. хотя признаюсь, что с Москвой мало имела дела. в регионах можно и без ссылок. вообще сейчас так быстро все меняется, что даже пара месяцев - это большой срок, за который может поменяться даже уровень конкуренции.
попробуйте отдельные сайтмапы сделать на каждый поддомен, хотя бы на города миллионники, вставить в дескрипшн город, настроить на самих страницах небольшие автоматические тексты с упоминанием города и контактами (если есть) типа "Товар в розницу в Городе по привлекательной цене". обратите внимание на опыт агрегаторов типа пульсцен - там город в коде упоминается порой десятками раз.
в Google Search Console добавьтесь и сайтмап туда же добавьте - картина будет ясней. а так индексация гуглом так и осталась для меня загадкой
