Аналогичная ситуация, поменял шаблон, многие урлы страниц теперь нужно менять на новое распределение по темам. Сижу в ручную вбиваю в .htaccess 301 редирект.
У меня на одном сайте, где поменял шаблон уже три месяца такая катавасия....
Отрывок из комментария Яши по поводу решения ФАС:
Результативный Ап, новые страницы в индексе, да и беки засветились, что не может не радовать.
Яша балуется: в той Ап забрал десятку, в этот - отдал.
Значить составить смету своей работы и сразу же взять согласие на разбор проблемных ситуаций и соответственно отдельную оплату.
Почитайте польские SEO форумы - forum.optymalizacja.com, forum-pozycjonowanie.pl, просмотрите темы про продажи ссылок.
Ну, а, если удалить с вебмастера сайт и повторно его загрузить - "добавить ресурс"?
У одного из сайтов страницы вернулись в индекс, но позиции на прежний уровень не поднялись.
Проверил по вебмастеру никаких изменений нет, новые страницы без индексации.