У меня совсем недавно была примерно такая же картина: процент отказов в Метрике на одном из сайтов в течение нескольких дней резко вырос, достигнув почти 80%. Словно на пустом месте.
Проблема решилась обновлением кода счётчика Метрики на сайте. Как только я обновил код - всё стало нормально, процент отказов пришёл в норму. Не знаю, чем актуальный код Метрики отличается от старого и почему рост отказов произошёл только по одному сайту (на остальных ведь точно такой же), но вроде помогло - и ладно.
Переустановка кода счетчика помогла. Спасибо!