Leo Tokarev

Атрибут rel=»alternate» hreflang достаточно сложен. Его следует использовать в следующих случаях:

1. На вашем сайте переведены только некоторые элементы сайта, например, только шаблон страницы (панель навигации или футер сайта). Такой вариант часто используется на форумах, где много UGC — User-Created Content. В таких случаях необходимо избегать появление полиязыкового контента на одном URL-адресе.
2. Контент размещен на одном и том же языке, но различается некоторыми нюансами для жителей разных регионов. Например, контент на испанском языке будет немного отличаться для жителей Испании, Мексики и Аргентины.
3. Ваш сайт полностью переведен на другой язык. Например, каждая страница существует на русском и английском языках. Подробнее можете прочитать по ссылке

Оба информационные со статьями. Первый по строительству и ремонту, второй по лакам и краскам. Очень хорошо сегодня выросли, даже странно. 

Позиции не смотрел, но по Метрике хорошие приросты 

Им деваться некуда. Приходится исполнять ) 

Замечал такие проблемы

Я бы смотрел на тематику сайта. Если информационный, то однозначно без привязки.

Если коммерческий, то стоит спросить: «Есть ли у вас поддомены?» Например, spb.site.ru, ekb.site.ru и так далее. Если нет, то создать и не будет проблем с локальным продвижением.

Если нет поддоменов, то указывайте всю Россию или основной регион работы на ваше усмотрение.

Имейте ввиду,  что поисковик обязательно обратит внимание на упоминания регионов. Например, если на странице будут ключи, связанные с Краснодаром, робот поймет, что вы работаете только в этом регионе. Даже если доставка будет по всей России.

Сайт, конечно, посмотреть бы хотелось ) 

Интернет-магазин

Если нетрудно, отправьте пример. Не совсем понятно, что вы имеете ввиду 

Удалить, чтобы не мозолили глаза?) 

Да, криворукие программисты или незнающие люди )