Нет. Относительные или абсолютные внутренние ссылки вы используете на сайте поисковикам совершенно все равно.
Относительные ссылки удобны при переносе сайта на новый домен, так что если планируется переезд сайта, то лучше использовать их.
А вообще есть более важные вещи, на которые стоит обратить внимание при оптимизации сайта, нежели данный вопрос.
