ЧПУ модуль уже ставить смысла нет. Он только всё испортит. Я его поставлю когда в порядок приведу сайт.
Честно говоря, я так и не понял, что делать, решение принял такое:
сделать редирект со всех дубликатов на страницы находящиеся в индексе Яндекса.
Думаю это поможет. На нескольких малобизнесовостребованных запросах проведу эксперимент, как описал выше. Если позиции после индексации не изменятся буду работать дальше.
Нормальная стратегия, или ссу почём зря и 301 редректа не стоит боятся?