Спасибо за ответ.
Письма отправлял с аутлука и с веб-интерфейса.
Запись mail.site1.ru добавил в A, но там есть запись " * IN A xx.xxx.xx.xx" - видимо дублирует.
Посмотрю, что изменится.
У домена site2.ru тоже нету "A" записи для mail.site2.ru, но он работает.
Нужен ли в ISPmanager Сервер DNS, если у регистратора имен прописаны днс хостинга? Настраиваю днс через панель управления зоной днс в личном кабинете.
Отправил с веб-интерфейса по одному письму с каждого домена. В заголовках есть отличия. Если надо - приведу.