2 недели - не срок для беспокойства.
Как вариант, это может говорить о том, что что домен №2 реже посещается ботом яндекса.
Воспользуйтесь софтом с функцией замены текста в множестве файлов (неоднократно такой вопрос поднимался на серче).
Программу - размножитель текстов без учета [] могу написать за 20 баксов и 1 час.
Да не должно быть никаких фильтров за сворачивание текста
В общем случае, да, внутренняя ссылка с нужным анкором может несколько повысить позиции страницы в выдаче. Но улучшит ли ситуацию рандомная перелинковка по всему сайту - не факт. Алгоритмы ПС становятся все сложнее и все труднее предсказать их реакцию на то или иное действие со стороны вебмастера. Поэтому лучше ориентироваться на пользователя, а ПС сами подтянутся.
Если пользователи будут пользоваться этими линками - то смысл в этом есть. Ручная перелинковка эффективней, чем автоматическая рандомная.
Почему нельзя было нормально создать тему без ссылки на старую? Выложите хотя бы название домена и условия.
Если кратко, то да, это нормально
Гуглом можно искать похожие картинки, есть там такая функция. Интересно, ТС тестировал результаты работы программы в гугле?
Автоматическую регистрацию так и не сделали?