Минимальная цена клика могла повыситься в том случае,если CTR в целом по рекламной кампании у вас "просел" ниже 0,5%. Таким образом яндекс.директ наказывает "плохих" рекламодателей (тех которые не приносят ему должную прибыль). Вам стоит пересмотреть эффективность ваших объявлений по ключевым словам, т.е повысить кликабельность своих объявлений, и со временем цена за клик опустится до 1 цента.
