Щитаю, что всему виной javascript.
И вот пачиму: у вас добавление этой строки (хеша) происходит без перезагрузки страницы и после ее полной загрузки.
Скриптов у вас там мильён, поэтому отключайте по одному и смотрите после какого этот хеш исчезнет
CMS какая?
Кеш чистили?
Оптимальная структура, как мне кажется, от нагрузки зависеть будет. Одно дело, если у вас будет пара своих сайтов обсчитываться, другое - если тысячи, да посещаемых.
раньше был скрипт rapidgetpro - он на скачивание с файлообменников был заточен, но и обычные ссылки на ура качал.
AddType application/vnd.android.package-archive .apk
Это если у вас файлы сервер отдает, если через CMS отдаются - надо ее править будет.
В IDE есть как правило форматирование кода - Ctrl+Shift+F в Zend, Ctrl+Alt+L в phpStrom.
Ну или я бы еще в гугле поискал php code beautifier/formatter
Там не нужны фигурные скобки.
А можно попродробнее на пример текущей страницы. Вот скрипт загрузился на страницу, дальше он что делает? Находит все ссылки на ней или пытается url анализировать? Или что?
На примере серча и этой страницы можете примерно показать ход работы скрипта. Т.е. скрипт скачивае такую-то страницу, делает то-то, дальше скачивает такую-то страницу и т.п.