По поводу поп-ап окон. Были прецеденты, когда замаскированный js, создающий простое окошко, воспринимался как вредоносный код и сайт отправлялся вообще в блэклисты ПС.
Довольно объемный вопрос у вас получился.
В белом каталоге почти всегда ручная модерация, нет засилия ссылками на один и тот же ресурс, и как следствие наличие у самого каталога хороших пузомерок.
В публикуемых вами статьях естественно должен несколько преобладать % кейвордов по продвигаемому ресурсу, но никого навязчивого спама. А принцип прост - если статью приятно самому читать, то велик шанс получения бэклинков на ваши публикации. По поводу колличества - я бы брал качеством :)
amhost.net ?
А вы не пробовали прогнать с отрубленными модулями апач и пхп и без nginx ?
Если есть доступ, то посмотрите логи ошибок - ApacheX.X\logs\error.log . Там и узнаете причины. 🍻