если готовы пожертвовать посещаемостью, то надо сделать переадресацию с www.site.ru на site.ru
(не забудьте что при этом должна выдаваться 301 ошибка)
примерно через месяц все переклеется, НО бывают сбои в обработке, тогда нужно писать письмо платону щукину :))) и не пугайтесь, что пропадете из выдачи, так сказать побочный эффект столь резких мер.
если все это не допустимо (проверено опытным путем), то ждать от 3-4 месяцев, но не факт, что переклеит, т.к. написано http://help.yandex.ru/webmaster/?id=996567#996574
"Директива 'Host' не гарантирует выбор указанного главного зеркала,...."
